Mimo, że Polska i Litwa były formalnie związane, to panowały między nimi spore różnice. Litewska szlachta charakteryzowała się słabą pozycją, ponieważ do głosu doszła rodzima magnateria, która była przeciwna zjednoczonym państwom, zaś wielki książę litewski dysponował o wiele większą władzą niż król Polski. Podczas rozmów w sprawie powstania nowego związku, panowała ożywiona dyskusja, w której przedstawiano różne poglądy na temat zjednoczenia. Przed rozpoczęciem obrad w Lublinie w 1569 r., Zygmunt II zrzekł się prawdynastii jagiellońskiej do Litwy i przekazał je Polsce, co wzbudziło niepokój Litwinów.